Hauptseminar Numerische Moleküldynamik (SS 08)
Prof. F. Bornemann, Prof. O. Junge
Die Simulation der Strukturdynamik von Molekülen ist von zentralem Interesse in den Naturwisssenschaften, aber auch in Feldern wie den Materialwissenschaften, und der Nanotechnologie. In diesem Seminar wollen wir, ausgehend von der Modellierung, grundlegende numerische Techniken zur Simulation großer Molekül(system)e erarbeiten und implementieren.
Termine
Fr, 18.4., 10:15 im MI 02.08.011: Prof. Gero Friesecke über Aspekte der Modellierung molekularer Systeme.
Do, 14:15-15:45, MI 02.08.011
Einführend für alle: [GKZC], Einleitung und Kapitel 2
Literatur
[GKZC] Griebel, M., Knapek, S., Zumbusch, G., Caglar, A.: Numerische Simulation in der Moleküldynamik, Numerik, Algorithmen, Parallelisierung, Anwendungen,Springer, 2004.
[HLW] Hairer, E., Lubich, Ch., Wanner, G.: Geometric Numerical Integration: Structure-preserving Algorithms for Ordinary Differential Equations, Springer, 2006.
Programmierung
Unser Ziel ist es, die im Buch (mit Code!) beschriebenen Algorithmen zu implementieren und an interessanten Beispielen zu testen. Dazu soll jedes Team den Code aus seinem Teil des Buches lauffähig programmieren (in C), an einem interessanten Beispiel testen - und dann an das nächste Team weitergeben. Hier ist also insbesondere darauf zu achten, dass der Code lesbar und gut dokumentiert ist.
